O Windows ME é uma atualização para o Windows 9x e a maioria dos softwares para Windows 95 e Windows 98 funcionará com o Windows ME. Dizemos 'maioria' porque softwares como um programa antivírus ou qualquer outro utilitário projetado para o Windows 9x não funcionarão (ou funcionarão bem) no Windows ME. A estrutura de arquivos e os arquivos de configuração mudam levemente no Windows ME. No entanto, jogos, programas e outros softwares funcionarão no Windows ME. Se o software não funcionar, ele deverá ter uma atualização para funcionar.