O único método de determinar a versão PCI seria revisar a documentação da placa-mãe.

Posso atualizar minha versão PCI?

Não. A versão PCI não pode ser atualizada, a menos que você substitua a placa-mãe por uma versão PCI mais atualizada. Claro, se você fosse substituir a placa-mãe, também exigiria que você atualizasse sua CPU e RAM.